تا زمان امام دوازدهم اين سير در کتب شيعه ادامه داشته است و در زمان غيبت که دسترسي جامعه شيعه به امام معصوم به شکل متعارف ممکن نبوده است و طبعاً شيعه بايد به احاديث مکتوب خود مراجعه کند. از اين رو محدثان شيعي شروع به تدوين و پالايش احاديث باقي مانده از زمان حضور معصومين نمودند.
از جمله اشخاصي که کمر همت براي اين کار بست و عمر خويش را در اين راه بذل کرد، ثقئ الاسلام ابي جعفر محمدبن يعقوب بن اسحاق الکليني الرازي بود. او که به کليني مشهور است، تقريباً همزمان با امام عصر متولد شد و در زمان غيبت صغري مي زيسته است. وي پس از اتمام تحصيلاتش در زادگاهش «کلين» از توابع «ري» شروع به تحصيل و پژوهش در حوزه حديث شيعه نمود و به آنجا رسيد که در زمان خودش شخصيت تراز اول فقهاي امامي شد. نام کليني با نام کتابش «کافي» گره خورده است و امروز کليني را به کافي او مي شناسند چرا که مهم ترين تاليف کليني کتاب کافي بوده است. درباره کتاب کافي بايد گفت: نه تنها مهم ترين تاليف جناب کليني است بلکه مهم ترين و با ارزش ترين تاليف عالم تشيع است.